Hier beginnen
- Prüfen Sie zuerst die Grundlagen: Polymer und Puffer innerhalb ihrer Standzeit, keine Blasen in der Pumpe, der Ofen mindestens 30 Minuten vorgeheizt und eine grüne Statusleuchte, bevor Sie einen Lauf starten.
- Lassen Sie einen Sequenzier- oder Größenstandard laufen. Ist der Standard gut, liegt das Problem bei den Proben; ist er schlecht, prüfen Sie Gerät und Verbrauchsmaterial.
Probleme mit der Datenqualität
Spikes im Elektropherogramm
Wahrscheinliche Ursachen
- Luftblasen oder Partikel, die am Detektionsfenster vorbeiziehen.
- Eingetrocknetes Polymer oder Kristalle am Array-Anschluss oder im Pumpenblock.
- Elektrisches Rauschen durch Lichtbögen.
Was Sie tun können
- Den Assistenten zur Blasenentfernung ausführen.
- Einen frischen Polymer-Beutel einsetzen, der Raumtemperatur angenommen hat.
- Den Pumpenblock reinigen und den Array-Anschluss auf eingetrocknetes Polymer prüfen.
- Darauf achten, dass die Oberseite des Kathodenpuffer-Behälters trocken ist.
Schwaches oder kein Signal
Wahrscheinliche Ursachen
- Zu wenig Template oder eine fehlgeschlagene PCR- bzw. Sequenzierreaktion.
- Salz oder verbliebene Farbstoff-Terminatoren, die bei der elektrokinetischen Injektion konkurrieren.
- Zersetztes Formamid.
- Eine Luftblase am Boden des Wells.
- Eine verstopfte Kapillare.
Was Sie tun können
- Einen Standard laufen lassen, um Proben- von Geräteproblemen zu trennen.
- Reaktion und Aufreinigung überprüfen.
- Frisches Formamid aus einem tiefgefrorenen Aliquot verwenden.
- Die Platte kurz zentrifugieren, um Blasen zu entfernen.
- Injektionsspannung und -zeit im Run-Modul prüfen.
Breite Peaks oder schlechte Auflösung
Wahrscheinliche Ursachen
- Polymer über seine Standzeit hinaus im Gerät.
- Ein Kapillar-Array am Ende seiner Lebensdauer.
- Überladene oder salzhaltige Proben.
- Ofen nicht vorgeheizt oder falsche Lauftemperatur.
Was Sie tun können
- Frisches Polymer einsetzen und die Injektionszahl des Arrays prüfen.
- Die Proben verdünnen oder die Injektion verkürzen.
- Den Ofen mindestens 30 Minuten vorheizen.
- Zeigt auch ein Standard breite Peaks in allen vier Farben, das Array ersetzen.
Pull-up-Peaks (Farbübersprechen)
Wahrscheinliche Ursachen
- Eine veraltete spektrale Kalibrierung oder eine, die mit anderem Array oder Polymer erstellt wurde.
- Signal oberhalb des Detektorbereichs, weil die Probe überladen ist.
Was Sie tun können
- Probenmenge oder Injektionszeit reduzieren.
- Eine neue spektrale Kalibrierung für das Farbstoffset durchführen.
- Nach jedem Array-Wechsel und jedem Wechsel des Polymertyps neu kalibrieren.
Dye Blobs in Sequenzierdaten
Wahrscheinliche Ursachen
- Nicht eingebaute Farbstoff-Terminatoren nach unvollständiger Aufreinigung.
- Ein Run-Modul, das nicht zur Aufreinigungschemie passt.
Was Sie tun können
- Die Aufreinigung nach der Cycle-Sequenzierung verbessern.
- Das Run-Modul verwenden, das zu Ihrer Aufreinigungsmethode passt.
Migrationsverschiebungen zwischen Läufen
Wahrscheinliche Ursachen
- Der erste Lauf des Tages startete, bevor der Ofen stabil war.
- Gealterter Puffer oder gealtertes Polymer.
- Starke Temperaturschwankungen im Raum.
Was Sie tun können
- Den Ofen mindestens 30 Minuten vorheizen.
- Pufferbehälter und Polymer innerhalb ihrer Grenzen wechseln.
- Die Raumtemperatur stabil halten und bei der Fragmentanalyse in jeder Probe einen Größenstandard mitführen.
Gerätefehler
Fehler wegen instabilem Strom
Wahrscheinliche Ursachen
- Luftblasen im Pumpenblock oder Polymerweg, die oft zugleich Spikes verursachen.
- Ein Leck im Polymerweg.
- Abgelaufenes oder gealtertes Polymer.
- Laufpuffer, der länger als zwei Wochen im Gerät ist.
- Lichtbögen, versäumte Wartung oder ein Hardwarefehler.
Was Sie tun können
- Den Assistenten zur Blasenentfernung ausführen.
- Pumpenblock und Array-Anschluss auf Lecks prüfen.
- Den Spül-Assistenten ausführen, dann frisches Polymer und beide neuen Pufferbehälter einsetzen.
- Die Oberseite des Kathodenpuffer-Behälters trocknen.
- Den Service rufen, wenn der Fehler bestehen bleibt.
Lichtbögen oder abgebrochener Lauf
Wahrscheinliche Ursachen
- Feuchtigkeit oder Salz auf dem Kathodenpuffer-Behälter oder den Septen.
- Eingetrocknetes Polymer oder Salz an den Elektroden.
Was Sie tun können
- Die Oberseite des Behälters vollständig trocknen, bevor Sie die Septen aufsetzen.
- Die Elektroden mit einem fusselfreien Tuch abwischen.
Lecks an Pumpe oder Array-Anschluss
Wahrscheinliche Ursachen
- Ein Array, das nicht vollständig sitzt.
- Abgenutzte Dichtungen oder beschädigte Teile des Pumpenblocks.
Was Sie tun können
- Das Array neu einsetzen und den Pumpenblock prüfen.
- Verschraubungen nicht zu fest anziehen.
- Den Service rufen, wenn das Leck bestehen bleibt.
Ein Array, das sich nicht bewegen oder lösen lässt
Wahrscheinliche Ursachen
- Eingetrocknetes Polymer am Array-Kopf.
Was Sie tun können
- Deionisiertes Wasser um den Array-Kopf spritzen und es erneut versuchen.
- Niemals Gewalt oder Werkzeug verwenden. Bewegt es sich weiterhin nicht, einen Serviceeinsatz anfordern.
Räumliche oder spektrale Kalibrierung schlägt fehl
Wahrscheinliche Ursachen
- Ein Array, das nicht richtig sitzt, oder Kapillaren, die nicht vollständig mit Polymer gefüllt sind.
- Ein verschmutztes Detektionsfenster.
- Blasen in den Wells der Kalibrierplatte oder ein abgelaufener Standard.
Was Sie tun können
- Das Array neu einsetzen und mit Polymer füllen.
- Die Kalibrierplatte zentrifugieren, um Blasen zu entfernen, und das Verfallsdatum des Standards prüfen.
- Die Kalibrierung wiederholen.
Gelbe oder rote Statusleuchte
Bedeutung
- Dauerhaft gelb: Computer und Gerät kommunizieren nicht.
- Dauerhaft rot: Das Gerät kann nicht initialisieren.
Was Sie tun können
- Computer und Gerät in der im Benutzerhandbuch angegebenen Startreihenfolge neu starten.
- Vor dem Start eines Laufs auf die grüne Leuchte warten.
- Kommt die rote Leuchte wieder, den Service kontaktieren.
Probleme vermeiden
Die meisten der genannten Probleme lassen sich durch Routinepflege vermeiden: Polymer und Puffer innerhalb ihrer Grenzen wechseln, die Pumpe monatlich spülen und nach jedem Array-Wechsel kalibrieren. Die Wartungscheckliste für den 3500 fasst diese Aufgaben auf einer druckbaren Seite zusammen.
Häufige Fragen
Woran erkenne ich, ob ein Problem von den Proben oder vom Gerät kommt?
Lassen Sie auf demselben Array einen Sequenzier- oder Größenstandard laufen. Ist der Standard gut, prüfen Sie Probenvorbereitung und Aufreinigung. Zeigt der Standard dasselbe Problem, liegt die Ursache bei Gerät oder Verbrauchsmaterial.
Wann sollte ich das Kapillar-Array ersetzen?
Wenn ein Standard breite Peaks, kürzere Reads oder schlechte Auflösung in allen vier Farben zeigt oder wenn das Array seine Injektionsgrenze oder sein Verfallsdatum erreicht hat.
Was sollte ich mitschicken, wenn ich um Hilfe bitte?
Gerätemodell und Seriennummer, Softwareversion, Kit und Chargennummern, die Zahl der Läufe auf dem Array, die Chargen von Polymer, Puffer und Formamid sowie einige Datendateien, die das Problem zeigen.
Gelten diese Lösungen auch für 3130 und 3730?
Mein 3500 lehnt ein Array ab, das noch gute Daten liefert. Was tun?
Das Array hat vermutlich das Injektionslimit oder das Verfallsdatum erreicht, das in seinem RFID-Tag gespeichert ist. Mit einem regenerierten Array oder der Online-Regenerierung mit neuem RFID-Tag arbeiten Sie weiter. Siehe regenerierte Arrays.
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