Pour commencer
- Vérifiez d’abord les bases : polymère et tampons dans leur durée sur l’instrument, pas de bulles dans la pompe, four préchauffé au moins 30 minutes et voyant d’état vert avant de lancer une série.
- Passez un standard de séquençage ou de taille. S’il est bon, le problème vient des échantillons ; s’il est mauvais, examinez l’instrument et les consommables.
Problèmes de qualité des données
Pics parasites (spikes) dans l’électrophorégramme
Causes probables
- Bulles d’air ou particules passant devant la fenêtre de détection.
- Polymère séché ou cristaux autour du port du réseau ou dans le bloc pompe.
- Bruit électrique dû à des arcs.
Que faire
- Lancer l’assistant d’élimination des bulles.
- Installer une poche de polymère neuve revenue à température ambiante.
- Nettoyer le bloc pompe et vérifier l’absence de polymère séché au port du réseau.
- S’assurer que le dessus du réservoir de tampon cathodique est sec.
Signal faible ou absent
Causes probables
- Trop peu de matrice ou une réaction de PCR ou de séquençage ratée.
- Sel ou terminateurs fluorescents résiduels en compétition lors de l’injection électrocinétique.
- Formamide dégradé.
- Une bulle d’air au fond du puits.
- Un capillaire bouché.
Que faire
- Passer un standard pour distinguer un problème d’échantillon d’un problème d’instrument.
- Revoir la réaction et l’étape de purification.
- Utiliser du formamide frais issu d’une aliquote congelée.
- Centrifuger brièvement la plaque pour éliminer les bulles.
- Vérifier la tension et la durée d’injection dans le module.
Pics larges ou mauvaise résolution
Causes probables
- Polymère au-delà de sa durée sur l’instrument.
- Un réseau de capillaires en fin de vie.
- Échantillons surchargés ou trop salés.
- Four non préchauffé ou mauvaise température de migration.
Que faire
- Installer du polymère frais et vérifier le nombre d’injections du réseau.
- Diluer les échantillons ou raccourcir l’injection.
- Préchauffer le four au moins 30 minutes.
- Si un standard montre aussi des pics larges dans les quatre couleurs, remplacer le réseau.
Pics de pull-up (débordement de couleur)
Causes probables
- Un étalonnage spectral ancien ou réalisé avec un autre réseau ou un autre polymère.
- Un signal hors de la gamme du détecteur parce que l’échantillon est surchargé.
Que faire
- Réduire la quantité d’échantillon ou la durée d’injection.
- Réaliser un nouvel étalonnage spectral pour le jeu de colorants.
- Réétalonner après chaque changement de réseau et de type de polymère.
Dye blobs dans les données de séquençage
Causes probables
- Terminateurs fluorescents non incorporés après une purification incomplète.
- Un module qui ne correspond pas à la chimie de purification.
Que faire
- Améliorer la purification après la réaction de séquence.
- Utiliser le module adapté à votre méthode de purification.
Décalages de migration entre séries
Causes probables
- La première série de la journée a démarré avant la stabilisation du four.
- Tampon ou polymère vieilli.
- Fortes variations de température dans la pièce.
Que faire
- Préchauffer le four au moins 30 minutes.
- Remplacer les réservoirs de tampon et le polymère dans leurs limites.
- Garder une température ambiante stable et inclure un standard de taille dans chaque échantillon d’analyse de fragments.
Erreurs d’instrument
Erreur de courant instable
Causes probables
- Des bulles d’air dans le bloc pompe ou le circuit du polymère, qui provoquent souvent aussi des pics parasites.
- Une fuite dans le circuit du polymère.
- Polymère périmé ou vieilli.
- Tampon de migration sur l’instrument depuis plus de deux semaines.
- Arcs électriques, entretien oublié ou panne matérielle.
Que faire
- Lancer l’assistant d’élimination des bulles.
- Vérifier l’absence de fuite au bloc pompe et au port du réseau.
- Lancer l’assistant de rinçage, puis installer du polymère frais et deux réservoirs de tampon neufs.
- Sécher le dessus du réservoir de tampon cathodique.
- Appeler le service technique si l’erreur persiste.
Arcs électriques ou série interrompue
Causes probables
- Humidité ou sel sur le réservoir de tampon cathodique ou sur les septa.
- Polymère séché ou sel sur les électrodes.
Que faire
- Sécher entièrement le dessus du réservoir avant de poser les septa.
- Essuyer les électrodes avec un papier non pelucheux.
Fuites à la pompe ou au port du réseau
Causes probables
- Un réseau mal enfoncé.
- Joints usés ou pièces du bloc pompe endommagées.
Que faire
- Réinstaller le réseau et inspecter le bloc pompe.
- Ne pas serrer excessivement les raccords.
- Appeler le service technique si la fuite persiste.
Un réseau qui ne bouge plus ou ne se libère pas
Causes probables
- Du polymère séché autour de la tête du réseau.
Que faire
- Projeter de l’eau désionisée autour de la tête du réseau et réessayer.
- Ne jamais forcer ni utiliser d’outil. S’il ne bouge toujours pas, demander une intervention.
Échec de l’étalonnage spatial ou spectral
Causes probables
- Un réseau mal installé, ou des capillaires incomplètement remplis de polymère.
- Une fenêtre de détection sale.
- Des bulles dans les puits de la plaque d’étalonnage, ou un standard périmé.
Que faire
- Réinstaller le réseau et le remplir de polymère.
- Centrifuger la plaque d’étalonnage pour éliminer les bulles et vérifier la date de péremption du standard.
- Recommencer l’étalonnage.
Voyant d’état jaune ou rouge
Signification
- Jaune fixe : l’ordinateur et l’instrument ne communiquent pas.
- Rouge fixe : l’instrument ne peut pas s’initialiser.
Que faire
- Redémarrer l’ordinateur et l’instrument dans l’ordre de démarrage indiqué dans le guide d’utilisation.
- Attendre le voyant vert avant de lancer une série.
- Si le voyant rouge revient, contacter le service technique.
Prévenir les problèmes
La plupart des problèmes ci-dessus se préviennent par un entretien de routine : polymère et tampons remplacés dans leurs limites, rinçage mensuel de la pompe et étalonnages après chaque changement de réseau. La checklist de maintenance du 3500 réunit ces tâches sur une page imprimable.
Questions fréquentes
Comment savoir si un problème vient des échantillons ou de l’instrument ?
Passez un standard de séquençage ou de taille sur le même réseau. Si le standard est bon, examinez la préparation et la purification des échantillons. S’il montre le même problème, la cause se trouve dans l’instrument ou les consommables.
Quand faut-il remplacer le réseau de capillaires ?
Lorsqu’un standard montre des pics larges, des lectures plus courtes ou une mauvaise résolution dans les quatre couleurs, ou lorsque le réseau a atteint sa limite d’injections ou sa date de péremption.
Que faut-il envoyer pour demander de l’aide ?
Le modèle et le numéro de série de l’instrument, la version du logiciel, le kit et les numéros de lot, le nombre de séries sur le réseau, les lots de polymère, de tampon et de formamide, et quelques fichiers de données qui montrent le problème.
Ces solutions s’appliquent-elles aussi aux 3130 et 3730 ?
Mon 3500 refuse un réseau qui donne encore de bonnes données. Que faire ?
Le réseau a probablement atteint la limite d’injections ou la date de péremption enregistrée dans son étiquette RFID. Un réseau régénéré ou une régénération en ligne avec une nouvelle étiquette RFID vous permet de continuer à travailler. Voir réseaux régénérés.
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